|
TurboSEQUEST® - Программное обеспечение для идентификации протеинов
TurboSEQUEST - это программное
обеспечение второго уровня, работающее в оболочке
Xcalibur™, которое автоматически идентифицирует
протеины путем сравнения экспериметнальных данных тандемной масс-спектрометрии
(MS/MS) со стандартными базами данных по протеинам и ДНК.
Новое программное обеспечение, поддерживаемое лучшим в мире
масс-спектрометрическим пакетом
Xcalibur™,
по крайней мере, в 10 раз быстрее предыдущей версии SEQUEST®.
Установленный на любой системе
Thermo
Finnigan LC/MS/MS,
TurboSEQUEST обеспечивает быстрое и высокоточное решение задачи идентификации
белков и пептидов.
|
TurboSEQUEST коррелирует
неинтерпретированные MS/MS спектры пептидов из баз данных по
протеинам и нуклеотидам. Таким образом определяется аминокислотная
последовательность и, следовательно, белки и микроорганизмы, которые
соотвествуют масс-спектрам анализируемых пептидов. Программное
обеспечение может анализировать одиночный спектр или всю пептидную карту данных
LC/MS/MS автоматически.
Oсобенно мощным преимуществом TurboSEQUEST является возможность прямого
анализа протеинов в смесях. Смесь протеинов анализируется высокоспецифичным
методом тандемной масс-спектрометрии. Информация по фрагментации, происходящей в
MS/MS экспериментах конвертируется в точные массы пептидов и информацию по последовательностям.
Идентификационный алгоритм "перекрестной корреляции" TurboSEQUEST может извлекать информацию
и правильно идентифицировать протеины даже при низких концентрациях, при которых
сигнал очень слаб. Эта характеристика, в особеннсоти, полезна тогда, когда
доступное количество образца протеинов лимитировано и соотношение сигнал/шум мало.
|
Менеджер баз данных |
Индексированные базы данных
Использование индексированных баз данных в программном пакете
TurboSEQUEST приводит к тому, что время поиска по крайней мере в 10 раз
быстрее чем при использовании неиндексированных баз данных.
Индексированние баз данных эффективно уменьшает размер поиска до
меньших множеств путем создания индексных файлов для того, чтобы
использовать их в качестве стартовой позиции для каждого инкремента диапазона масс.
В процессе поиска программное обеспечение быстро находит правильный индекс
и начинает основной поиск.
|
|
Модификация пептидов
Когда пептиды переносятся РНК, они часто подвергаются химическим реакциям, результатом которых
является изменение их структуры (например, карбогидрирование, алкилирование, фосфорирование).
TurboSEQUEST может идентифицировать до трех таких модификаций одновременно,
обеспечивая пользователя мощнейшим инструментом идентификации модифицированных протеинов в одном
эксперименте. Пользователь может ввести модификации для N- и C-терминалов для всего протеина или
выбрать пептид, генерированный при энзимном воздействии. TurboSEQUEST даже может идентифицировать
специфические места модификаций, а также пептиды, в которых модификации присутствуют.
|
Search Parameters |
Подробную информацию по использованию программного обеспечения SEQUEST можно найти в статье:
Automated Identification of Amino Acid Sequence Variations in Proteins by HPLC/Microspray
Tandem Mass Spectrometry by C. Gatlin, J. Eng, S. Cross, J. Detter, and J. Yates III in
Analytical Chemistry, Volume 72, Number 4, Pages 757-763, February 15, 2000
Здесь Вы можете посмотреть полный текст статьи
 |
Демонстрация программы on-line:
Для просмотра демонстрации программного обеспечения TurboSEQUEST необходимо, чтобы на Вашем компьютере
было установлена программа Shockwave Flash plug-in.
Это программное обеспечение может быть загружено с сайта Macromedia.
Нажав на изображение слева, Вы перейдете на страницу с описанием
TurboSEQUEST на сайте
Thermo
Finnigan, откуда Вы сможете стартовать просмотр демонстрации
|
* SEQUEST and TurboSEQUEST are registered trademarks of the University of Washington
|
Новый