Полученные в результате хроматографического разделения смесей индивидуальные органические соединения последовательно поступают в реактор окисления, где они сжигаются до образования СО₂, N₂O  и воды. При необходимости изотопного анализа азота применяется дополнительно восстановительный реактор. После прохождения газового коммутатора, где в нужный момент времени подается соответствующий газ-стандарт (СО₂, N₂), чтобы не происходило перекрытие пиков пробы и стандарта, поток гелия с исследуемым газом (с газом-стандартом) поступает в ионный источник масс-спектрометра. Все процедуры от забора пробы автодозатором до получения конечного результата производятся автоматически под управлением компьютера в соответствии с методом и в последовательностью, созданными пользователем. В масс-спектрометре Delta Plus(XL) предусмотрена возможность получения хроматограммы c помощью пламенно-ионизационного детектора для выбора нужного хроматографического пика и соответствующего индивидуального соединения с целью определения изотопных сдвигов в углероде и / или азоте.